Случайность как художник: учёные обнаружили первую фрактальную молекулу

Пост опубликован в блогах iXBT.com, его автор не имеет отношения к редакции iXBT.com
| Рассуждения | Наука и космос

Природа, словно увлеченный художник, разбрасывает свои шедевры по всему миру. От изящных снежинок до причудливых изгибов раковин — повсюду мы видим симметрию, узоры и гармонию. Но иногда, играючи, природа создает нечто совершенно неожиданное, разрушая привычные шаблоны и бросая вызов нашему пониманию порядка. Именно такой сюрприз преподнесли ученые, обнаружив первый в мире молекулярный фрактал.

Автор: Designer

Фракталы — это геометрические фигуры, обладающие свойством самоподобия. Их структура повторяется на всех масштабах, от мельчайших деталей до общей формы. В природе мы встречаем фракталы в изломах береговой линии, ветвях деревьев, прожилках листьев. Но на молекулярном уровне, в мире белков и атомов, фракталы казались невозможными. До сих пор.

Встреча с треугольником Серпинского

Цитратсинтаза — фермент, участвующий в жизненно важных процессах обмена веществ у цианобактерий. Казалось бы, что может быть прозаичнее? Но исследователи из Института Макса Планка и Университета Филиппа в Марбурге обнаружили, что молекулы этого фермента способны на удивительное: они самоорганизуются, образуя узор, известный как треугольник Серпинского. Этот фрактал представляет собой бесконечную последовательность треугольников, вложенных друг в друга, с пустыми пространствами, напоминающими звездное небо.

(a), Распределение олигомерных белковых комплексов очищенного CS из двух видов цианобактерий, S. elongatus PCC 7942 (SeCS, масса мономера = 44,3 кДа) и Synechocystis sp. PCC 6803 (масса мономера = 45,9 кДа), измеренное MP. На рисунках изображена сборка известных белков CS. b, Распределение субъединиц SeCS в различных олигомерных комплексах, соответствующих измерениям МП в (a). (c, d), 2D классные значения очищенного SeCS, зарегистрированные с помощью ЭМ, окрашенных с отрицательным эффектом. Комплексы 6mer не давали обзоров сверху. Таким образом, для представления был использован изолированный 6mer из среднего по классу 18mer. Схемы изображений справа. (e), Количественная оценка размеров Хаусдорфа (D) с использованием средних классов 18 и 54 меров. Данные представлены в виде средних значений трех различных положений сетки, а столбцы погрешности соответствуют s.d. (D) получено из наклона линии регрессии (R254мер = 0,996, Р218мер = 0,997). (f), Рg значения, выведенные из данных SAXS для SeCS и гексамерного варианта (SeCS L18Q;) при различных концентрациях белка. Эксперимент проводили, начиная с самой высокой концентрации, а затем последовательно разбавляя белок. Таким образом, более крупные сборки являются реверсивными. Измеряли по одной пробе для каждой стадии концентрирования в течение десяти кадров. Представленные данные представляют собой выводимый Rg значения с использованием аппроксимации Гинье, а столбцы ошибок соответствуют s.d. значений аппроксимации, вычисленных из ковариационной матрицы (ScÅtter IV). Пунктирными линиями обозначен Rg Значения рассчитаны по указанным структурным моделям 6MER, 18MER и 54MER.
Автор: Sendker, F.L., Lo, Y.K., Heimerl, T. et al. Emergence of fractal geometries in the evolution of a metabolic enzyme. Nature (2024). https://doi.org/10.1038/s41586-024-07287-2 (CC-BY 4.0) Источник: www.nature.com

Открытие было сделано совершенно случайно, как это часто бывает в науке. Ученые, изучая структуру цитратсинтазы, были поражены изображениями, полученными с помощью электронного микроскопа. Вместо ожидаемой регулярной решетки молекул они увидели завораживающий фрактальный узор.

Секрет асимметрии

Разгадка тайны фрактального белка кроется в его асимметрии. Обычно при самоорганизации белковых молекул каждая цепь занимает одинаковое положение относительно своих соседей. Это приводит к формированию симметричных, упорядоченных структур. Но в случае с цитратсинтазой все иначе. Различные белковые цепи взаимодействуют друг с другом по-разному, создавая сложный и непредсказуемый узор, подобный треугольнику Серпинского.

Эволюционная игра

Зачем же цианобактерии понадобился фрактальный фермент? Удивительно, но, похоже, это всего лишь игра случая, эволюционный каприз. Ученые провели эксперимент, в котором генетически модифицировали цианобактерии, лишив их цитратсинтазу способности собираться во фрактальные структуры. Оказалось, что это никак не повлияло на жизнедеятельность бактерий.

Чтобы разобраться в этой загадке, исследователи заглянули в прошлое. Используя специальные методы, они реконструировали эволюционную историю цитратсинтазы и обнаружили, что фрактальная структура возникла внезапно, в результате нескольких случайных мутаций. В других линиях цианобактерий эта особенность быстро исчезла, но у одного вида она сохранилась до наших дней.

Новый взгляд на эволюцию

Открытие молекулярного фрактала заставляет нас переосмыслить роль случая в эволюции. Оказывается, даже такие сложные и изысканные структуры могут возникать без какой-либо видимой цели, просто как результат случайных событий. Это открывает перед нами увлекательную перспективу: возможно, в мире биомолекул скрывается еще множество удивительных форм и узоров, ждущих своего открытия. И кто знает, какие еще сюрпризы готовит нам природа в своей бесконечной игре со случайностью и порядком.

5 комментариев

276841335@vkontakte
Учёные: собирают килограмм цитратсинтазы, обрабатывают, включают электронный микроскоп, делают открытие.
Публика:
— Какая поразительная случайность.
100622683114546951724@google
Вот интересно люди могут создать самолет, машину, ракету, роботов, но не могут даже приблизиться к созданию живого организма, самой простой живой клетки. Но при этом верят в случайности. Поразительно.
K
Что значит не могут? Уже давно собрали по молекулам полностью функциональную живую клетку.
100622683114546951724@google
Из не живого сделали живое? Ну это открытие самое большое за всю историю человечества! Поздравляю! И себя и вас!)))
Фамилии гениев в студию!)
B
Попросил ИИ придумать историю из маловероятных событий:
ChatGPT 4
User
Придумай короткую историю из цепочки маловероятных событий
ChatGPT
В один ясный весенний день Марина решила прогуляться по парку. Вдруг из-за дерева выскочил попугай, ярко-зелёный, с ключами в клюве. Марина пошла за попугаем, и он привёл её к старому автомобилю, припаркованному у озера. Она использовала ключи, чтобы открыть багажник, где нашла загадочный сундук.
Открыв сундук, Марина обнаружила внутри старинный механический артефакт, который, как оказалось, был устройством для перемещения во времени. Она активировала артефакт и мгновенно оказалась в Париже 1920-х годов. Там она встретила известного художника, который как раз искал модель для своей новой картины. Марина согласилась позировать, и портрет оказался настолько великолепен, что был куплен неким мистериозным коллекционером.
Как выяснилось позже, этот коллекционер — потомок Марины, который использовал другой временной артефакт, чтобы создать временной парадокс и встретить свою предшественницу. Вернувшись в настоящее, Марина обнаружила, что теперь она известна как потерянный гений арт-деко, а её портрет висит в одном из самых престижных музеев мира.
Вот, примерно таким же образом эволюционисты объясняют появление этой молекулы

Добавить комментарий

Сейчас на главной

Новости

Публикации

Обзор накопителя 2.5" Orico Y-20 512 ГБ

Сегодня вспомним, что помимо распространенных накопителей NVMe SSD M2, существуют и даже используются еще другие стандарты. Стандарт 2,5″ SSD пришел на смену медленным HDD, и еще используется...

Не просто камни из космоса: неочевидные факты о Земле, открытые благодаря метеоритам

Они прибывают на Землю, словно письма из прошлого, запечатанные в огненных конвертах, — безмолвные вестники, несущие на своих оплавленных боках отпечатки эпох. Метеориты, а также их...

Докатка: как избежать опасностей на временном колесе

На дорогах часто случаются непредвиденные ситуации, и одна из самых распространённых — это поломка или повреждение колеса. В такие моменты на помощь приходит докатка, маленькое и удобное...

Космический бит: зачем NASA отправило хип-хоп к Венере?

Недавно NASA провернуло трюк, достойный, скорее, пиар-агентства, нежели организации, занимающейся серьезными научными исследованиями. Агентство отправило к Венере… нет, не новейший зонд,...

Россия – самая холодная страна, так ли это на самом деле

Мы живём в уникальной и огромной стране, которая расположена в Восточной Европе и Северной Азии. Её территория занимает более 17 миллионов квадратных километров, это делает её по площади одной из...

Имеет ли право инспектор ДПС останавливать ночью в неосвещенном месте?

Если в условиях города освещенность улиц одинаково хорошая в любое время суток, но за городом многие трассы освещены неравномерно. И ночью, в слабо освещенном месте очень не хочется останавливать...