Редактирование генома тихоходок: первый шаг к созданию «живых капсул времени»?

Пост опубликован в блогах iXBT.com, его автор не имеет отношения к редакции iXBT.com

Тихоходки — создания удивительные. Эти микроскопические беспозвоночные, которых за внешность и неторопливость прозвали «водяными медведями», способны выживать в самых экстремальных условиях: от ледяного холода космоса до кипящих геотермальных источников. Их устойчивость к обезвоживанию, радиации и экстремальным температурам поражает воображение и уже давно привлекает внимание ученых.


Секрет живучести тихоходок — в их невероятных механизмах клеточной защиты и регенерации. Однако до недавнего времени эти механизмы оставались тайной за семью печатями. Традиционные генетические методы оказывались бессильны перед этими «микроскопическими танками». Ученым удавалось лишь временно «отключать» работу генов тихоходок, но создать устойчивые линии с измененным геномом оставалось недостижимой мечтой.

Прорыв совершили японские ученые из Токийского университета. Вдохновившись методом DIPA-CRISPR, успешно применяемым для редактирования генома насекомых, они адаптировали его для работы с тихоходками. Суть метода заключается во введении комплекса Cas9-РНК, который работает как «молекулярные ножницы», в организм взрослой особи. Комплекс, попадая в яйцеклетки, вносит изменения в ДНК потомства.

Тихоходка, иллюстрация
Автор: Designer

Ученые столкнулись с рядом сложностей. Во-первых, необходимо было точно определить стадию развития тихоходки, на которой введение Cas9-РНК будет наиболее эффективным. Во-вторых, требовалось подобрать оптимальную концентрацию компонентов, чтобы не навредить хрупкому организму.

Репрезентативные фотографии яиц R. varieornatus (A) и особей в возрасте 8 (B) и 10 дней (C). (D) Стадия родительских самок для инъекции важна для успешного редактирования генов в DIPA-CRISPR. Чтобы получить родительских самок в определенном возрасте, яйца собирали и ежедневно наблюдали за их вылуплением. Только что вылупившихся молодых особей (в возрасте 0 дней) отделяли и выращивали в течение определенного периода времени до инъекции. После инъекции Cas9 RNPs инъецированные тардиграды выращивались в течение 10 дней, а отложенные яйца (потомство G0) собирались и выращивались. Выросшие особи G0 были отдельно подвергнуты экстракции геномной ДНК и ПЦР. ПЦР-ампликоны непосредственно анализировали методом секвенирования по Сэнгеру. Генетически отредактированное потомство G0 было получено от родителей, которым инъекции были сделаны в возрасте от 7 до 10 дней.
Автор: Single-step generation of homozygous knockout/knock-in individuals in an extremotolerant parthenogenetic tardigrade using DIPA-CRISPR Kondo K, Tanaka A, Kunieda T (2024) Single-step generation of homozygous knockout/knock-in individuals in an extremotolerant parthenogenetic tardigrade using DIPA-CRISPR. PLOS Genetics 20(6): e1011298. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1011298 CC-BY 4.0 Источник: journals.plos.org

В качестве подопытных выступили тихоходки вида Ramazzottius varieornatus — признанные чемпионы по выживаемости. В результате серии экспериментов японским генетикам удалось подобрать оптимальные условия и получить первое в мире поколение тихоходок с измененным геномом.

Открытие имеет колоссальное значение. Теперь у ученых появился инструмент для глубокого изучения механизмов экстремальной устойчивости тихоходок. Понимание этих механизмов может привести к созданию новых технологий сохранения биологических материалов, таких как вакцины и лекарства, а также к разработке методов защиты человека от радиации и других неблагоприятных факторов.


(A) Схематическое изображение структуры гена RvY_01244 (ABCG), а также расположение трех кРНК (коричневые стрелки) и геномных ПЦР-праймеров (синие стрелки). Зеленые рамки представляют экзоны, а серые линии — интроны или межгенные области. (B) Репрезентативное изображение агарозного геля геномных ПЦР-ампликонов, полученных из некоторых потомков G0. В этом геле четыре образца слева демонстрируют ампликоны с размером, ожидаемым от немодифицированного генома (WT), в то время как правый образец, обозначенный как m1, демонстрирует единственную полосу, представляющую более короткий размер (Δa), чем WT, что примерно соответствует размеру с делецией фрагмента a (crRNA1-crRNA2). Примечание: ампликон с размером WT не был обнаружен в образце m1. (C-F) Характер редактирования генов у четырех полученных особей G0: комплексное редактирование (m1, C), 1-нт вставка (m2, D), 3-нт делеция (m3, E) и две 1-нт вставки (m4, F). (C) Красная изогнутая линия представляет делецию промежуточной области между crRNA1 и crRNA2. Оранжевая рамка представляет промежуточный фрагмент ДНК между крРНК2 и крРНК3, который был вставлен в обратной ориентации. (D-F) Схематическое изображение места редактирования гена и электроферограммы при прямом секвенировании по Сэнгеру геномных ПЦР-ампликонов с эталонной последовательностью (REF).
Автор: Single-step generation of homozygous knockout/knock-in individuals in an extremotolerant parthenogenetic tardigrade using DIPA-CRISPR Kondo K, Tanaka A, Kunieda T (2024) Single-step generation of homozygous knockout/knock-in individuals in an extremotolerant parthenogenetic tardigrade using DIPA-CRISPR. PLOS Genetics 20(6): e1011298. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1011298 CC-BY 4.0 Источник: journals.plos.org

Более того, тихоходки — близкие родственники таких популярных модельных организмов, как мушка дрозофила и нематода C. elegans. Разработанный метод редактирования генома позволит использовать тихоходок для сравнительных эволюционных исследований, открывая новые горизонты в биологии развития.

Это открытие — еще одно доказательство, что самые маленькие и незаметные создания на нашей планете могут таить в себе огромные секреты, способные изменить мир.

Если тихоходки такие живучие, зачем вообще нужно редактировать их геном? Неужели недостаточно просто изучать их природные способности?

Это резонный вопрос. Действительно, тихоходки — уникальный объект для изучения экстремофилии. Однако, чтобы понять, как именно работают их защитные механизмы на молекулярном уровне, наблюдений недостаточно.

Редактирование генома — это как скальпель в руках хирурга. «Выключая» отдельные гены и наблюдая за последствиями, ученые смогут точно определить, какие гены отвечают за устойчивость к обезвоживанию, радиации или экстремальным температурам.

В статье говорится, что большинство мутаций у тихоходок оказываются гомозиготными, то есть затрагивают обе копии гена. Но ведь тихоходки размножаются партеногенезом — без участия самцов. Как это возможно?


Это один из самых интригующих вопросов, на которые еще предстоит найти ответ. Ученые предполагают, что в процессе мейоза (деления клеток), который происходит и при партеногенезе, у тихоходок происходит некий «фокус», который приводит к дупликации отредактированного гена. Возможно, это связано с особенностями строения и функционирования их хромосом.

Ученые «отключили» у тихоходок ген, отвечающий за синтез трегалозы — вещества, которое помогает многим организмам переживать обезвоживание. Однако оказалось, что это не повлияло на выживаемость взрослых особей, но привело к гибели эмбрионов. Означает ли это, что трегалоза не играет роли в устойчивости самих тихоходок?

Не совсем. Скорее всего, взрослые тихоходки накапливают достаточно трегалозы в своем организме, чтобы обеспечить собственную выживаемость. А вот эмбрионам трегалоза, по-видимому, жизненно необходима на ранних этапах развития. Это открытие еще раз подчеркивает сложность и многогранность механизмов адаптации тихоходок к экстремальным условиям.